Долгая битва между Кирой и его преследователями подходит к концу.

Тщательно подготовив свои стратегии уничтожения друг друга, Лайт и Ниа, наконец, встречаются лицом к лицу.

Во время смелой операции Мелло делает свой ход и ему удаётся похитить Такаду, создав препятствие планам Ниа и Лайта.

Айзава использует уловку, чтобы проверить обманы Лайта и узнать правду о нём. Позже SPK помещает Мису и Моги под свой контроль.

Ниа ищет связь между двумя Кирами и прибывает в Японию для наблюдения за Тэру Миками. Тэру Миками по поручению Лайта пересылает листы из Тетради Смерти Такаде Киёми.

Тэру Миками находит нового «представителя Киры», Киёми Такаду, а затем с её помощью связывается с Лайтом. Мелло и Мэтт устанавливают слежку за Мисой. Такада становится союзницей Лайта.

Айзава начинает подозревать Лайта и рассказывает Ниа о рассследовании L. Лайт приказывает Мисе отказаться от тетради и передать её Тэру Миками. Миса теряет память, а Тэру Миками начинает наказывть преступников.

Ниа подозревает, что второй L - Кира. Мелло забирает у Ниа свою фотографию и сообщает ему, что одно из правил Тетради Смерти - фальшивое.

Лайт отказывается от тетради и пересылает её в полицию. Ягами Соитиро получает от Рюука глаза Смерти и видит настоящее имя Мелло, но не успевает записать его в тетради. Ягами Соитиро умирает. Тетрадь возвращается её владельцу – синигами Сидо.

Мелло обменивает Ягами Сайю на тетрадь. С помощью тетради он убивает большинство членов SPK. Ниа сообщает Лайту, что подозревает во всём происходящем Мелло.

Силами ФБР создаётся специальная команда для расследования дела Киры (SPK) без помощи L. Эту команду возглавляет Ниа. Ниа сообщает Лайту, что знает о смерти L. Мелло похищает Ягами Сайю.

Лайт становится вторым L. Тетрадь смерти решено передать на хранение Ягами Соитиро. Лайт решает жить вместе с Аманэ Мисой.

Лайт вынуждает Рэм погибнуть, продлив жизнь Мисы убийством L. Лайт забирает тетрадь, оставшуюся после смерти Рэм.

L узнаёт тайну тетради. К Лайту возвращается память. L отпускает Мису. Миса по поручению Лайта откапывает вторую тетрадь смерти. Она забыла настоящее имя L, поэтому снова совершает сделку с Синигами и получает глаза Смерти.

Продолжается спец.операция против третьего Киры. Хигучи прижимают к стенке.

Миса предъявляет детективам запись, на которой Хигучи признаётся, что он - Кира. Детективы начинают спецоперацию против Киры №3.

Миса приходит на собеседование в Ёцубу. Рэм показывается ей и рассказывает, что Лайт – Кира. Миса идёт на свидание с Хигучи, говорит ему, что она – второй Кира и добивается признания, что он – третий Кира.

Детективы следят за менеджерами Ёцубы. Лайт связывается с Намикавой. L убеждает Мису пойти в Ёцубу на собеседование.

Мацуда тайно проникает в офис Ёцубы, но его быстро обнаруживают. L устраивает вечеринку для менеджеров Ёцубы, чтобы спасти Мацуду. Мацуда инсценирует несчастный случай.

Лайт и L дерутся. Японская полиция прекращает расследование дела Киры, поэтому Ягами Соитиро и некоторые другие детективы уходят в отставку. Айзава остаётся в полиции и уходит из штаба расследования. Детективы выходят на след Ёцубы. Появляются Айбер и Уэди.

L выпускает Лайта и Мису из тюрьмы. L сообщает, что штаб-квартира расследования переносится в построенный им 23-этажный дом. В этом же доме поселяют Мису. Лайт и L, скованные наручниками, продолжают совместное расследование дела Киры.

Лайт отказывается от тетради Рэм и признаётся L, что он может быть Кирой. L сажает Лайта за решётку. Убийства преступников прекращаются. Лайт отказывается от тетради Рьюка и теряет память. Преступники снова начинают умирать от рук Киры.

Миса встречает L и видит его имя. L арестовывает Мису. Миса отказывается от тетради.

Рэм угрожает убить Лайта, если он причинит вред Мисе. Миса ради лайта просит Рэм убить L и та соглашается.

Миса Аманэ, используя глаза Бога Смерти, определяет, что Лайт и есть Кира, и встречается с ним.

Лайт присоединяется к расследованию. L просит его составить послание второму Кире от Киры. Рэм рассказывает Мисе, как убить Бога Смерти.

Второй Кира появляется на «Сакура ТВ» с обращением к полиции.

L и Лайт играют в теннис. L сообщает Лайту о своих подозрениях. Отец Лайта попадает в больницу.

L убирает камеры из дома Ягами. Лайт и L поступают в университет. L раскрывает свою тайну Лайту.

L сужает круг подозреваемых до тех, за кем следил Рей Пенбер, и устанавливает видеокамеры в доме Ягами. Лайт быстро это обнаруживает и убеждает Рюука найти все видеокамеры. Рюук на время того как стояли камеры не мог есть яблоки

Лайт убивает Мисору Наоми.

Соитиро Ягами и его коллеги встречаются с L. Лайт встречается с Мисорой Наоми и узнаёт о её догадках по делу Киры.

Лайт использует Пенбера, чтобы тот записал имена агентов ФБР на листке из тетради. 12 агентов ФБР, находящихся в Японии по делу Киры, умирают.

Контролируя преступника при помощи тетради, Лайт узнаёт в автобусе имя Рея Пенбера. Преступник умирает от несчастного случая

Рей Пенбер следит за Лайтом. Рюук рассказывает Лайту о глазах Бога Смерти. Лайт отказывается говоря что хочет жить долго в своем новом мире.

L начинает расследование. Лайт убивает Линда Л. Тэйлора и попадает в ловушку L.

Лайт находит странную тетрадь, узнаёт из неё о её предназначении и начинает пользоваться ей.